Для рассмотрения основного массива частных жалоб в структуре НПП действует Департамент правовой защиты предпринимателей, экспертами которого отрабатываются все обращения без исключения. Ни одна жалоба не остается без ответа или обратной связи. Эксперты НПП связываются с заявителем, консультируют его, оказывают всю необходимую и возможную помощь.

Департамент, будучи Секретариатом Совета по защите прав предпринимателей, осуществляет полную организационную и правовую поддержку заседаний Совета и готовит правовые заключения по рассматриваемым вопросам.

Среди методов работы Совета и Департамента важным является взаимодействие с органами прокуратуры. Полная правовая выкладка по вопросу предпринимателя со стороны НПП, выводы и предполагаемые последствия вкупе со ссылкой на соответствующие нормы законодательства обеспечивают подробное рассмотрение органами прокуратуры той или иной проблемы.

В результате по многим обращениям НПП органами прокуратуры принимаются соответствующие меры прокурорского реагирования, в том числе опротестование судебных актов, внесение представлений на неправомерные действия (бездействие) государственных органов и должностных лиц.

Выработан механизм поддержания Национальной палатой ходатайств в Генеральную прокуратуру о принесении надзорных протестов. Действенность этого механизма обеспечивается авторитетным мнением экспертов Департамента.

Также экспертами Департамента осуществляется юридическая помощь предпринимателям вплоть до содействия при составлении исковых заявлений (отзывов).

Департамент является ключевым подразделением в структуре НПП по вопросам защиты прав и законных интересов субъектов предпринимательства.